《蓝精灵：寻找神秘村》的剧情比较简单，基本可以用片名来涵盖，也就是蓝妹妹、聪聪、笨笨、健健四个小精灵寻找神秘村，并与大反派坏巫师格格巫斗智斗勇的历险故事。历险过程中，出现了很多神奇的动植物，比如快快兔、火蜻蜓、拳击花，妙趣横生，充满了想象力。不过，真正的剧情，并不是寻找神秘村，而是主角蓝妹妹寻找内心的自己。换句话说，比外在的神秘村更神秘的是自己的内心。与其他精灵拥有明显的特性不同，蓝妹妹没有自己的特性。其他精灵的特性像标签一样成为了他们的名字，唯独蓝妹妹，只有一个性别属性，所以叫她蓝妹妹。这与她的出身有关。蓝妹妹并不是真正的精灵，她是一团泥，被格格巫施以魔法后才成为了精灵。