• 初号机和第四使徒的对战并未采用电视版第二集中的回想方式。
• 在初号机受到第六使徒攻击的同时，电视版中是直接收回，但新剧场版中，第六使徒的攻击导致弹射装置损坏而无法回收，美里下令射出插入栓却被律子和源度阻止，两人心中“EVA比驾驶员还重要”的想法提早出现，而初号机最后是透过引爆人工地盘的支架强制回收。
• 真嗣比电视版中变的更有主见，在最后留在NERV的决定是他自己“自愿”留下驾驶初号机，而非被强迫。
• 第六使徒攻击或防御时外形会改变成各种不同的超现实立体几何图像，并且露出中间的核心。
• 基尔等人的第一次登场是直接以SEELE成员的身分，并以石碑方式登场。
• 渚薰的设定大幅改变。他出场时是在月球的一个棺材中，说出了““又是第三个吗？你还是一样没变呢，看来相逢时会很有意思喔，碇真嗣。”的话语，并且似乎对人类补完计划也有了深入了解。这使得渚薰的身份完全不能依靠TV版来推测。
• 登场的使徒除了Lilith外，在官方公式资料中全部都只使用数字编号，并没有给出名字。
• 新的NERV标志将原有的无花果叶片稍作的细部修改，恢复了第一代时期的风格，增加了苹果图案的底纹（带有机关变换的圈型）。
• 本片是基于原作的重新制作，而不是续编，故事沿袭电视版第1至6集、漫画版单行本第1至3集的剧情。