掌控日本国家未来的御前会议上，一众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言也被提及。几天后，暗中执行猎杀计划的政府成员在游艇上全员变成木乃伊死亡。这起案件交给了未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查过程中，两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶去救援时意外与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）相遇。当麻把美玲带回未详系，原本已经死去的阳太（即：一十一）（神木隆之介 饰）竟悠然出现在她们面前。当麻竭力压制着蠢蠢欲动的左手，却只能无力地看着美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。在阳太的恶意挑动下，普通人类与SPEC持有者之间的矛盾愈发激烈。夹在两者之间，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满迷茫。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物若隐若现，黑暗降临的未来难道真的无法避免？