1995年，一场流星雨轰击了地球，大多数落在了意大利的泰伯河附近。随之而来的是一种叫做泰伯利亚的外星矿物，这种矿物迅速蔓延到了地球大部分适于居住的气候带。NOD领袖凯恩希望利用泰伯利亚改变地球及地球上的生物。他招收信徒，让他们从联合国成立的"全球防御组织（GDI）"手中夺取更多的泰伯利亚矿石，利用这些矿石完成“神化”（变异成外星生物）以便接下来的“升天”（前往外星）。GDI目的就是阻止NOD的恐怖行为。双方展开了遍及欧洲和非洲的第一次泰伯利亚战争。而命令与征服：泰伯利亚之日的故事是发生在NOD被GDI击败十后东山再起。与GDI再一次发生就一架太空船和神秘水晶发生冲突，凯恩准备用飞弹将Tiberium矿物散布到世界各地。Tiberium既是上文所说的泰伯利亚，它的辐射会另其他生物产生变异。这种矿物可以迅速地蔓延到世界的每一个角落。故事就发生在一次战役结束30年以后（2030年），疯狂传播的Tiberium矿物破坏了周边的生态环境和大陆的每一个城市，GDI不得不把人口转移到北极地区寻找对策，NOD则干脆转入地下，从事他们的基因转变研究。双方都拥有非常先进的科学 技术，GDI的拥有强大的空间技术和战车技术，设计出了The Wolverine、泰坦、 猛犸II型、神像等步行载具。NOD拥有强大的电脑技术和隐形技术。并且能熟练的运用泰伯利亚制作武器、装备或者新的生物。NOD通过强大的超级计算机Cabal统治着他们的生化机器人部队。在本作的资料片火线风暴中，Cabal决心清理NOD的叛徒和敌人，他控制的机器人几乎灭亡全人类。