ある暑い夏、鬼太郎の元に手紙が届いた。手紙の主は川村メグミという少女だった。彼女の父親は植物学者でバルル島にいるというが、ある日行方不明になったという。 バルル島に着いた鬼太郎は村人から詳細を聞き出す。ジャングルに向かい、キジムナーと対決。しかし、アカマタに妖気を奪われ、捕らえられてしまった。南方妖怪は日本人に怒っていたのだ。鬼太郎は下駄とちゃんちゃんこを奪われ、生命の水を飲まされ大海獣にされてしまった。 妖気を取り戻す薬草を探し出す目玉おやじ達。街で海獣が暴れているという情報を知る。海獣になった鬼太郎は仲間と出会うが、言葉が話せず自分が鬼太郎だと気づいてもらえない。鬼太郎は鏡に映った自分の姿に驚き、振り向くと東京の街を破壊していた。自衛隊の攻撃を受けながらも海に逃げ込んだ。 傷ついた鬼太郎は「もう元に戻れないかも知れない。バルル島に行ったことは後悔...