ある暑い夏、鬼太郎の元に手紙が届いた。手紙の主は川村メグミという少女だった。彼女の父親は植物学者でバルル島にいるというが、ある日行方不明になったという。 バルル島に着いた鬼太郎は村人から詳細を聞き出す。ジャングルに向かい、キジムナーと対決。しかし、アカマタに妖気を奪われ、捕らえられてしまった。南方妖怪は日本人に怒っていたのだ。鬼太郎は下駄とちゃんちゃんこを奪われ、生命の水を飲まされ大海獣にされてしまった。 妖気を取り戻す薬草を探し出す目玉おやじ達。街で海獣が暴れているという情報を知る。海獣になった鬼太郎は仲間と出会うが、言葉が話せず自分が鬼太郎だと気づいてもらえない。鬼太郎は鏡に映った自分の姿に驚き、振り向くと東京の街を破壊していた。自衛隊の攻撃を受けながらも海に逃げ込んだ。 傷ついた鬼太郎は「もう元に戻れないかも知れない。バルル島に行ったことは後悔していない。ただ、父さんにだけは僕のことをわかってもらいたい。」と思うのだった。 日出山で何とか薬草を見つけた一行。南方妖怪は街で大暴れのやりたい放題。鬼太郎は南方妖怪を止めようとする。しかし、今の鬼太郎が向かっても迷惑をかけるだけだった。 南方妖怪から隙を見て脱走したねずみ男は目玉おやじに「海獣の正体は鬼太郎」であると告げることが出来た。井戸仙人が目玉おやじに元に戻る方法を教える。 ココの実をすり潰したものと薬草を煎じた薬で元に戻った鬼太郎は再び南方妖怪と対決する……。