東京都八王子市にある警察署の独身寮にて時限爆弾、爆発が発生し、多数の死者を出した。この事件は過激派集団の犯行と断定し、警視庁公安部の池部警視（根津甚八）が捜査を取りまとめる担当をすることに決まった。 八潮警察署の岩田警部（タモリ）と田倉警部補（江口洋介）ら名コンビ刑事は、京浜運河の他殺死体の捜査を担当をしていたが、捜査により爆破事件と殺人事件の2つの事件の関係がマスコミやメディアらにクローズアップされ、警視庁公安部と八潮警察の合同捜査本部が設置されることになり、岩田警部・田倉警部補らが死体の身元を調査するうちに約17年前の爆破テロ事件が浮かび上がることに直面することとなる。