西元2300年，地球人早已开始向外太空殖民，而其中一个殖民行星——索罗星上，存在着被地球人称之为“第六文明”的外星人所遗留的遗迹。当索罗星的人们正在对遗迹进行调查的时候，外星人巴夫·克兰人为了探查传说中的无限能量“伊迪”而来到他们称为“洛古·丹”的索罗星。不久，巴夫·克兰的最高军事司令的女儿——卡拉拉·阿吉巴先行降落在索罗星上。巴夫·克兰人因害怕卡拉拉出事，以及出于对外星人的恐惧，而不分青红皂白的便向地球人开了火。索罗星的少年尤基·科斯莫和他的伙伴们为了保卫自己的生命，不得不驾驶着第六文明所遗留的巨大机器人——巨神伊迪安与巴夫·克兰人战斗。在这混乱之中，搭载巨神伊迪安的大型 宇宙船——索罗船启动了。为了躲避巴夫·克兰人的追击，科斯莫等人乘上索罗船，开始了他们那看不见尽头般充满压抑、绝望和悲伤的宇宙逃亡之旅……