故事发生在400年后的未来。一场突如其来的病毒消灭了地球上的绝大多数人，残存的人类为避免病毒的威胁，不得不退居到一个与外界完全隔离的城市，在这个被称为“布列尼亚”的孤岛中，人类不得不通过一代又一代的复制而长期存活于世上，但他们本身却一直被隐瞒了真相，对此浑然不知。故事主人公Aeon Flux是一个具有超能力的女战士，她受地下组织的委托，受命杀死集权统治者，并揭示一个秘密的世界。