在一次在技术大厦中的战斗中，1987年的忍者神龟们被传送到了2003版的世界。03版的神龟不太喜欢他们（除了米开朗基罗，因为他认为87版神龟是幽默的），觉得他们太愚蠢和幼稚。同时，利用空间转换门，1987年的 施莱德和朗格把2003版的阿特姆施莱德传回了地球。87版的技术大厦、福特兵和超级变异剂，以及03版强悍的施莱德，将为世界带来新的威胁。