该动画讲述了世界现有的文明成果由于大规模的 核战争而遭到毁灭性打击后，进入了使用暴力和武器就能统治一切的黑暗时代，北斗神拳的第64代继承人 拳四郎，运用自己掌握的北斗神拳武功，加上团结许多反抗厄运和压迫并心存正义的人，他们一起与这黑暗时代中的各种各样的邪恶首脑以及其附属的邪恶势力进行斗争，最终使人民的生活从灾厄转化为幸福的故事 。北斗神拳的剧情约略可分为两部分。动画“北斗神拳”为第一部，而动画“北斗神拳2”则是以第二部的天帝编及修罗之国编为基准。西元199X年，世界受到核子武器的洗礼，人类的文明大都毁于一旦。不过，人类并没有因此而灭亡，少数人仍然残存了下来，活在这个沦为暴力统治的世界里。在烈日照耀下的荒漠中，一名男子拖着疲惫的步伐前进，当他走到一个村庄的时候，由於缺水及疲惫而倒了下去，被村人给关进牢房中。在牢中结识了原为小偷，也被关在同一间牢房的男孩巴托，以及看守的小女孩琳儿。在村中长老的屋中，村人为了确定他到底是不是暴力组织“Z”的成员，脱下了他的上衣检查是否有刺青，但是当长老一见到他胸前呈 北斗七星形状的伤痕时，大吃一惊地认为这是不祥的预兆，而将他继续关在牢中。没多久，Z党来袭击这个村子，村中的 自卫队被残杀殆尽，琳儿更是被对方的首领抓为人质，以逼迫村民就范。危急之际，破牢而出的健四郎施展北斗神拳摆平了Z党的老大，平安地救出了琳儿，保住了这个村子。之后，健四郎离开了村子，继续他的旅程，巴托因为崇拜健而跟着他走，长老则安慰流泪送别的琳儿：「北斗出现的地方必有乱事，他是为了琳儿而离开的，因为这里是琳儿的村子啊。」旅途中健四郎收拾了暴力组织「King」中的黑桃和方块，在King的本部南十字星城中，健四郎解决了嗜杀的梅花，更在King的首领－南斗圣拳的 希恩面前用绝招痛宰如肥猪一般的红心。在和希恩的对话中，说明了两人为何由好友变为仇人，最后希恩在死前说出健四郎的未婚妻－尤莉亚已死的消息，使得这场因爱而生的决斗画下了休止符。健和巴托停留在一间颇具规模的交换站，巴托偶然看见琳儿被关在由以前 特种部队所组成的「神国」的卡车中，在救出琳儿后，健四郎顺道去毁掉「神国」这个组织。善后工作完成后，他们来到了巴托的故乡，帮助巴托的 义母朵洋婆婆挖好水井。就在健四郎离开后，飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，健四郎大怒，誓杀杰卡鲁报仇！ 经过一连串的猎杀，被逼到走投无路的杰卡鲁决定到雷比尼监狱放出号称「不死恶魔」的重刑犯来对付健四郎，虽然对方为恶魔的化身，但是仍不敌战神化身的健四郎，和杰卡鲁一同到阴间报到。为了使朵洋婆婆所收养的孩子有人收留，健四郎受某村落之托消灭来犯的「牙一族」，为此认识了南斗六圣拳之一「 南斗水鸟拳」的 雷依，以及酷似尤莉亚的玛雅。由於玛雅的弟弟被牙一族所杀，为了玛雅的泪水，两人联手消灭了牙一族的先锋部队。牙一族的首领为了报复，利用雷依失散的妹妹艾丽作人质，逼使健四郎和雷依相斗，不过两人以诈死来瞒过牙一族的首领，成功地救出了人质。