距离现在20年前，即 爱迪奥特曼与尤莉安奥特曼离开地球的5、6年后，宇宙英雄·奥特曼（ 初代奥特曼）、 赛文奥特曼、 杰克奥特曼和 艾斯奥特曼为了阻止 异次元人亚波人怨念的集合体终极超兽奥特杀手萨乌鲁斯攻击地球，奥特兄弟与强大的萨乌鲁斯在月面进行了一番苦战，最终萨乌鲁斯坠入神户海底。为了防止萨乌鲁斯复苏，奥特兄弟使用了“终极十字屏障”封印了这股邪恶力量。可是，使用“终极十字屏障”需要使用大量的能量，这就意味着奥特兄弟失去了变身的能力，四人遂化身人间体在地球定居。于是，时光流逝到了现在。在地球上，诞生了一位继承了奥特兄弟意志的新英雄，他的名字就是 梦比优斯奥特曼，人间体名为 日比野未来。梦比优斯来到地球的半年后，为了释放出被封印的终极超兽奥特杀手 萨乌鲁斯，宇宙联盟（极恶宇宙人 帝国星人、凶恶宇宙人 扎拉布星人、分身宇宙人 嘎次星人、暗杀宇宙人 纳克尔星人）乘坐隐形飞碟来到神户上空。感觉到神户冲海底有异常变动的GUYS派日比野未来前去调查，而奥特兄弟们也接到了佐菲的奥特签名，并预感了灾难即将发生。协助未来调查的是年轻的天才海洋学家神宫寺彩。她的弟弟高户，曾经非常喜欢奥特战士和GUYS。但是3个月前遇到了怪兽基路伯，开始将自己封闭了起来。未来因为自己也有战斗的阴影，感到非常的难过和心痛。未来变身成梦比优斯打败了宇宙联盟的先锋——帝国星人，心里却感到闷闷不乐，失去了战斗的信心。在失去信心的未来面前，出现了 早田进、 诸星团、 乡秀树还有 北斗星司，也就是传说中的奥特兄弟。4人提醒和鼓励烦恼着的未来，“敌人曾经和自己作战的时候也是这样，或许敌人已经瞄准了未来的‘心’”。未来与高户做了个约定，“这次战斗如果梦比优斯赢了的话，就接受请求做个‘V字’的胜利手势” 。但是，奥特兄弟的预感应验了。札拉布星人抓走了彩并变成她，给未来喝下毒药，然后变身为假梦比优斯·奥特曼，开始破坏城市，想相信梦比优斯奥特曼的高户再次受到打击。面对这种卑鄙的做法，未来非常生气地变身为梦比优斯奥特曼，挑战假梦比优斯·奥特曼。双方展开激烈的战斗。梦比优斯猛烈攻击假梦比优斯，异常愤怒的他失去了冷静，忘记了本该有的战斗方法，虽然消灭了扎拉布星人但却浪费了能量。筋疲力尽的梦比优斯，被嘎次星人的分身术玩弄于鼓掌之间。终于，他被钉在了十字架上－－！嘎次星人和纳克尔星人的声音响彻于整个黑暗的天空，他们不断叫嚣着，威胁地球人投降。奥特兄弟已经下定决心。为了救人，几乎耗尽所有能量的奥特兄弟变身了在奥特兄弟的帮助下，终于救下了被钉在十字架上的梦比优斯，可是紧接着奥特兄弟就被宇宙联盟操控的的飞船放出的光线牵制住了；原来这一切都是宇宙人的阴谋：想利用梦比优斯做诱饵吸引出奥特兄弟，然后抓住奥特兄弟利用他们的能量解开萨乌鲁斯的封印。得知真相的梦比优斯非常愤怒的向宇宙人发出攻击，却被宇宙人打回原形。眼看着萨乌鲁斯即将复活，城市在宇宙人破坏下陷入火海之中，日比野未来为了搭救正在保护小狗的高户，奋力撑起废墟里压在自己身上的大柱子从而解救高户，得知高户保护小狗的心情，感受到人类对奥特战士的信赖，得到鼓励的未来向正在破坏的宇宙人跑去，变身成梦比优斯站在嘎次星人和纳克尔星人面前，两人还来不及吃惊，便被梦比优斯相继打败，最终梦比优斯顺利救下被钉在十字架的奥特兄弟们，然而还来不及喘息，纳克尔星人阴笑道一切都太晚了，奥特杀手萨乌鲁斯已经复活了，一道红光从海里冲破云霄，快速下降落到奥特兄弟面前，二十年前被奥特兄弟封印的奥特杀手萨乌鲁斯此刻正复活成功。接着，亚波人操控萨乌鲁斯放出光线杀死了纳克尔星人并炸毁了宇宙联盟的飞船。原来这一切都是亚波人的阴谋，它利用过去侵略地球的宇宙人当做自己复活的棋子，只是没想到精明的宇宙联盟到头来却只是亚波人的走狗。复活后的萨乌鲁斯身高几百米，长长的触角，实力远远比二十年前更强，梦比优斯和奥特兄弟一个个被打倒，彩色计时器即将熄灭，神户笼罩在一片黑暗之中，而GUYS 派来援助的战机也无法进入神户；这时， 泰罗奥特曼和 佐菲奥特曼从天而降打破局面；不死心的亚波人遂将彩作为人质逼迫梦比优斯；最后，奥特6兄弟将他们的能量给予了梦比优斯奥特曼，使他化身无限状态消灭了萨乌鲁斯并救下了彩。目睹一切的高户重拾信心，而他和彩也知晓了未来的身份；最后，在 早田进、 诸星团、 乡秀树还有 北斗星司的目送下，未来和队友一起驾驶战机回到了本部；中途，泰罗和佐菲为他们护航......