行驶于太平洋上的运输船海龙丸遭遇奇怪的环礁,保险公司的草薙直哉(小野寺昭 饰)和海上保安厅的米森良成(伊原刚志 饰)奉命前去调查。他们在环礁上发现了神秘的碑文和饰品,不久,环礁发生剧烈抖动,俄而竟化作一只巨龟,互相飞向空中。另一方面,位于九州的姫神岛屿大陆失去联系。鸟类学家长峰真弓(中山忍 饰)与刑警大迫力(萤雪次朗 饰)前去寻找失踪的平田教授,却在当地遭遇三只以人类为食的巨型怪鸟。在内阁的授意下,自卫队对怪鸟展开围捕,而就在这个恐慌的夜晚,巨龟也出现在陆地上,与怪鸟展开惊天动地的搏杀……
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