伊豆群岛大黑岛喷火三个月后，第五八幡丸在暴风雨中遇难，隔日这艘船被记者牧发现，他走进这艘船，却发现船员们并非死于暴风，而是遭遇一场恐怖的屠杀。当他搜索船舱时，他被一只巨大的海虱袭击，还好千钧一发之际，海虱被幸存的船员奥村杀死了。奥村告诉他在暴风雨期间，他看见一只巨大生物从海中浮起，不久之后，船内便充满了海虱。他们俩被海岸巡逻队的直升机救回。稍后在医院，经由照片，奥村指认出他所见到的生物就是哥斯拉，事隔30年哥斯拉又回来了!为避免恐慌，政府保守住哥斯拉再度出现的秘密。但是哥斯拉又攻击了苏联的核子潜艇，苏联不知，控诉美国是主谋，世界濒临战争边缘，日本人不得不公开哥斯拉出现的消息。于是日本紧急对策本部设立，国际协商会在东京召开，讨论防御哥斯拉的战略。美国与苏联皆坚持在哥斯拉未上陆前使用核子消灭它，但三田村首相根据日本的反核原则断然拒绝。哥斯拉突然在静冈县井滨核能发电厂出现，将反应炉拔起吸收辐射能。但是当一群鸟飞过它头顶时，哥斯拉由于某种原因随着鸟群离开当地。小时候曾在1954年哥斯拉东京上陆时遭受丧亲之痛的生物学家林田被指派研究，他发现哥斯拉会被鸟群所发出的声音吸引。于是他建造了音波发生器，频率与可吸引哥斯拉的频率相同，准备引诱哥斯拉。哥斯拉突然在东京湾出现，在自卫队作战期间，哥斯拉波及到苏联控制太空核飞弹发射的基地船，系统损坏，太空核弹朝东京射来。苏联当局紧急通知日本，而美国同意发射另一飞弹拦截。同时哥斯拉进入东京，将银座与有乐町破坏，转向新宿；直到它遇到日本的秘密武器「超级X」。这是设计为一旦发生核子战争时所建造的，表面的钛能耐高温抵挡哥斯拉的热线，还能发射剧毒的镉飞弹到它的嘴里。飞弹很快发生作用，哥斯拉倒下了。当哥斯拉快死时，美国与苏联的核子飞弹在东京上空的同温层爆发，突然的核能闪电使得哥斯拉苏醒，超级X以它的雷射与飞弹攻击，然而完全无效。新宿超高层大楼倒下，哥斯拉是这城市的主宰。音波发生器在最近极为活跃的火山大岛三原山周边建造完成，开始诱导哥斯拉。于是哥斯拉被引诱，最终掉进火山里。