距今数百年前，发生了一场将世界一分为二的巨大战争。虽然“路卡利欧”与“亚朗”打算一起制止纷争，但它却亚朗关进了手杖的石饰当中。之后，世界迎来了和平，而制止了纷争的亚朗则被称为传说中的“波导的勇者”。在流传着“波导传说”的罗塔街中举办的宝可梦对战内出场的小智成功获得了冠军、获得了亚朗的手杖。出现于察觉到从手杖的石饰里传来了声音的小智面前的，是被解开了数百年封印的路卡利欧。而且，那时突然出现了幻之宝可梦“梦幻”，它居然还将皮卡丘给带走了。为了寻找皮卡丘，小智与路卡利欧朝着梦幻栖息的“世界初始之树”出发了。究竟小智是否能与皮卡丘再会、而路卡利欧被隐藏的过去与“波导传说”的真相又会是如何 。