在一个风景如画的海中小岛，小男孩小本和怀有身孕的母亲布朗娜渡过了最后一个快乐而难忘的夜晚。不久后，妹妹西尔莎出生，而母亲却撒手人寰。转眼过了六年，他们的父亲康纳始终未从丧妻之痛中走出，而充满幻想的西尔莎偶然发现妈妈留下的贝笛，结果险些溺毙大海，最终导致奶奶强制性地将两个孩子带离这座小岛。兄妹俩无法适应城市的生活，两人决定回到海边的家乡。路途中他们不仅遇到各式精灵，还要躲避、迎战追捕他们的女巫，兄妹俩穿越了古老而神奇的遗失世界，在海底经历了各种冒险，最终揭开了妹妹海豹精灵的身份，还知晓了母亲不告而别的原因 。