Seele坚信人类必须要向崭新的世界迈进，企图要让宿命毁灭，而毁灭也是为了新生的喜悦而存在，为了让神、人类及所有生命终能透过"死"合而为一。Seele因此而派出战自对Nerv本部进行直接占领。处于危机之刻的Nerv，美里为保全明日香，虽然明日香还无法与贰号机同步，但美里还是将明日香送上贰号机，至少她在EVA里是最安全的。而真嗣却在该出动 初号机时，并未在他该在的地方，美里也因担忧真嗣安危而前往其所在之处。只想着要逃避的真嗣与重拾精神及自尊的明日香，这2人形成了明显对照。明日香驶着贰号机，力战Seele派出的9台EVA 系列机，最后却败于朗基努斯之枪之下，并被其他EVA系列机给吞食。真嗣对自已没有自信也怕伤害别人，但是最后也因为初号机的觉醒、感应到母亲，他还是搭上了初号机。另一方面， 绫波丽则是离开了 碇源堂，不再做他的 洋娃娃了，并回到莉莉丝身上，引导了 第三次冲击的发生。真嗣深怕伤害别人的想法，与看见贰号机惨状之下，他最终还是与丽同化，引发了第三次冲击。使徒所持有的生命之果与人类所持有的智慧之果，同时拥有这两者的EVA初号机将成为与神同等的物质，今后他会在第三次冲击的虚无中，成为拯命人类的方舟?亦或是毁灭人类的恶魔？