江戸末期・文化年間の長崎に主人公・平松忠四郎が新しい長崎奉行として着任する。その長崎とは、わずか一年ごとに交代する奉行より、金という力を持った少数の豪商達が実権を握る町。歴代の長崎奉行は商人と結託し、彼らが非合法なやり口で自らを肥え太らせるのを黙認、その見返りの賄賂で私腹を肥やしてきた。 今回やってきた平松忠四郎もまた例外ではなく、菓子｢カステイラ｣という名目で贈られた小判を喜んで受け取る、酒好き女好きな男だった。今度の奉行も『また金でどうとでもなる男（いわゆる「昼行灯（ひるあんどん）」）』と見て安心する町年寄たち。しかし昼行灯は忠四郎の仮面であり、蘭学医・良順らと共に許せぬ悪人を闇に始末していく彼らは、｢闇奉行｣と呼ばれた。