前作で浅草を破壊してしまった責を受け、当時の司令官鬼頭は熱海に左遷されていた。 折しも熱海駅を通過した新幹線が地底怪獣に襲われ、熱海防衛隊は怪獣を追っていた。 その頃、国会では総理大臣と秘書にて密談がなされていた。怪獣が現れたのを利用し、 熱海を更地にして跡地に巨大カジノを建設する計画を実行するために参事官を送った。 同じ頃、地底怪獣の他に熱海港より三年前浅草を襲った雷牙が現れた。 鬼頭は浅草の仇と知り戦いを挑んだ。参事官は総理の思惑を実現させるため 鬼頭に熱海防衛隊の総力で挑むことを望んだ。鬼頭の危機を知り、 防衛隊仲間の巨大戦車神風やドリル戦車獄鳴が参戦するも二頭の怪獣に惨敗。 熱海は壊滅状態になり総理のカジノ草案も頓挫してしまう。 二頭の怪獣が再び姿を表したのは東京の六本木だった。 都内23区に個別の防衛隊があり、港防衛隊より鬼頭が招聘された。...