变种人的故事依然在延续。此前，成功越狱的反派“万磁王”依然跟X战警作对。而且，在新故事当中，他再不是独来独往，更有了一班邪恶帮手和他共同将邪恶进行到底。而另一个重要角色琴·格雷博士出人意料地在上一部牺牲之后又再次复活了。并且变成了最可怕的“黑凤凰”，琴·格雷不但堕入黑暗，而且还拥有了极具破坏性的超能力，对整个地球和全人类都构成了巨大的威胁。同时，正义的X战警方面也相继增加了不少新成员。力大无穷且身手敏捷的“野兽”和背后生出双翼能自由飞翔的“天使”。另外，在前两部中活跃的主要角色们都将全员上阵，其中睿智的X教授、实力极强的金刚狼以及操控天气的暴风女等依然占有主要的地位。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终还是将琴·格雷博士也就是“凤凰女”从黑暗的世界中拯救出来，重回正义的一方。但是，面对大反派“万磁王”的阴谋和“黑凤凰”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。变种人之间的一场恶战在所难免。尤其是堪称变种人大哥的金刚狼的出手更是吸引人的眼球。他的绝招铁爪神功，既有美式动作的刚猛狠辣，又有东方功夫的灵活多变。在战斗中，他与“万磁王”一方的新人“黑凤凰”正面单挑，这一战堪称这场变种人战斗中的精彩一役。“黑凤凰”堪称力大无穷，随意的一拳就能让一般的变种人骨断筋折，爆发起来更是地动山摇，连一向霸道的万磁铁王，也惧他三分。而且，在这场变种人的激烈大战中，作为美国为数不多的几个标志性建筑，金门大桥此次也未能幸免。