第四次非核大战过后的一年-2027年，在留有战争伤痕的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。在雨幕中，存在著对立的两人--找寻军人电子脑的荒卷大辅，以及将枪口指向他，想证明上司无罪的草薙素子。草薙是隶属「501机关」的陆军义体化部队，全身义体化的人造人，擅长电脑战的超级骇客。但是，追查案件的并不只有草薙一人，还有怀疑她是杀害同袍犯人，拥有「不眠之眼」的巴特，以及追查枪击事件的刑警‧德古沙。同时「501机关」的徕津中佐也在注视著素子的行动。他们追查的是隐身在真实与现实交错的电脑社会的犯人。为了寻找自身的未来与理想，草薙再次挺身而出。