公元2029年，是一个全世界被庞大信息网络连为一体的时代，是一个人们的生活方式也许并未发生什么重大变革的时代。人类的各种组织器官均可被人造化。因此，改造一部分身体结构的人有之，只保留大脑而全身机械化的人有之，更有人完全把自己变成了机器人。几乎所有人类都进行了不同程度的改造，很多人的身体都有着与网络连接的端口（ 在脖子后面），对他们来说，身体只是一个电脑终端而已，是一个容纳人类灵魂的容器。素子他们发现有一个黑客经常入侵一些公共设施的电脑，于是九课布置陷阱，抓获了这个身为清洁工人的黑客与给其程序的人。可是审问过程中，他们却发现此人的记忆早已被人所篡改，他们就象一颗被人摆弄的棋子。素子已经陷入了迷茫的阶段，她思考身为人类究竟该有何定义，人类一生的记忆，与庞大的信息世界，就好比一滴水和大海的程度。紧接着，麦格公司与政府合作生产的一个完全电脑人逃离公司，在夜间被车撞倒。九课接受了她的躯体。六课也派人来，开始检查该电脑人的躯体。躯体内的傀儡王表明自己不是AI，虽然他的代号是“2501计划”，但是他已有了察觉自我存在的意识。此时，九课遭到袭击，电脑人躯体被抢走。素子跟踪劫匪，并在一处破旧的废墟找到了被六课藏匿的2501。2501告诉素子，外交部、六课和麦格公司合作2501计划，而主要的程序编制者就是代田，2501的诞生只是他们的工具而已，但他产生了自我意识，逃离了他们的控制。他开始思考自己的定位，生命与死亡。这就是一个真正人类的行为。在他漫长的寻找同伴的过程中，他发现了草稚素子，他认为只有与她结合，他们才能更加完美。虽然结合的结果会导致2501自己的灭亡，可他仍然坚持这样认为。此刻，六课的攻击直升机已经找到了2501和素子，得到的命令，消灭此二人。但是由于突然而来的干扰电波，武器系统一直无法锁定目标。自己过去的经历，以及2501对自己的影响，素子考虑后同意了他的要求，创造新的生命。素子和2501的灵魂融为一体。同时，干扰消除，直升机立刻对目标做出了攻击动作，2501和素子都被消灭了一个新的素子诞生了，这位少女看着庞大的世界，思考着自己该何去何从。