戦乱の世・・・。将軍に重用された二つの忍の家系があった。『御霊番』として霊系忍術を操る魅雲流。そして、『御毒番』として世の毒を自在に操る武眩流。しかし、運命のいたずらにより、武眩流は倒幕の不穏分子としてのあらぬ疑いを掛けられ、幕府によって壊滅されられたのであった・・・。 時は流れて現代。国際保安機構から委託を受け、数々の難事件を解決してきた少女・魅雲ひかるは、魅雲流の血を受け継ぐクノイチである。今回も幼馴染の捜査員・庸介からの依頼により、細菌兵器開発者連続殺人事件の捜査に駆り出されたひかるは、その事件の裏に武眩流が絡んでいることを知る。魅雲の正装を纏い、戦うひかるであったが、武眩の末裔・楓の謀略の前に倒れ、魅雲の秘伝書奪取と、先祖の恨みを果たさんとする彼女によって地獄の拷問を受けることになるのだった。全身を毒で責められていくひかるは活路を見出し、秘伝書を守り抜くことができるのか？ 今ここに超お色気クノイチ活劇の幕が上がる！